分子动力学软件提交脚本
我们介绍如何提交常用的分子动力学软件到计算集群上。
# 通用流程
提交分子动力学软件到计算集群上，一般流程如下：
- 加载软件模块
- 编写提交脚本
- 提交任务
优化流程如下：
- 编写提交脚本，包含需要加载的软件，并写入计算提交参数
- 提交任务
# 具体流程
# GROMACS
1、编写提交脚本sub.sh, 写入
#!/bin/bash
#SBATCH -N 2 -n 56 -p debug
module add gromacs/2020.6-sp-icc18-IMPI2018.4 # 加载gromacs模块
yhrun gmx_mpi mdrun
1
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4
2
3
4
说明：可以使用 module av gromacs 命令查看可用的 gromacs 模块。
2、提交任务
yhbatch sub.sh
1
TIP
具体使用什么计算队列，每个队列有多少 CPU核心，使用多少核心，需要预先了解，可以参数之前的相关章节学习。
# LAMMPS
#!/bin/bash
#SBATCH -N 2 -n 56 -p debug
module add lammps/2Aug2023-icc18-IMPI2018.4 # 加载gromacs模块
yhrun lmp_mpi < in.lj
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3
4
说明：可以使用 module av lammps 命令查看可用的 lammps 模块。
2、提交任务
yhbatch sub.sh
1
# NAMD
#!/bin/bash
#SBATCH -N 2 -n 56 -p debug
module add namd/2.14-icc18-IMPI2018.4 # 加载gromacs模块
yhrun namd2 apoa1.namd
1
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3
4
2
3
4
说明：可以使用 module av namd 命令查看可用的 namd 模块。
2、提交任务
yhbatch sub.sh
1
# 小结
从以上例子中，我们可以看出，基于多线程、多进程的通用脚本方法，结合具体软件的可执行程序，以及所需参数，就可以顺利的提交任务到计算节点执行。