MIgcm编译安装教程

# MITgcm 安装说明

# 简介

麻省技术研究所的环流模式，模拟大尺度海洋环流。

主页 http://mitgcm.org/ (opens new window)
最新版手册 http://mitgcm.org/public/r2_manual/latest/ (opens new window)

# 下载

MITgcm_c66b.tar.gz 02-Dec-2016 00:14 115M

地址：

http://mitgcm.org/download/MITgcm_c66b.tar.gz (opens new window)

# 编译

# 依赖说明

编译mitgcm需要如下环境：

intel / gnu compiler
mpi compiler
netcdf
*lapack库

# 配置环境

# 1. intel / gnu compiler

我们使用系统安装好的Intel2013编译器，加载方式为：

module add Intel_compiler/13.0

# 2. mpi compiler

我们使用系统安装好的 mpich 编译器，加载方式为：

module add MPI/mpich/intel2013

# 3.netcdf

我们使用系统安装好的、与上述编译器配套的netcdf版本，加载方式为：

module add netcdf/4.4
module add hdf5/1.8.11 # 因为netcdf4默认需要hdf5

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# 4.lapack（默认不需要）

我们使用系统安装好的lapack版本，加载方式为：

module add lapack/3.8.0

# 生成makefile

以用户的一个test_code为例，进行说明。

（1）添加genmake2命令搜索路径

我们找到解压缩后的MITgcm_c66b/tools文件夹，里面有一个gmake2命令。我们将该命令所在路径添加到PATH环境变量中。

cd MITgcm_c66b/tools 		# 使用cd命令进入解压缩的tools文件夹（自己找一下）
export PATH=`pwd`:$PATH 	# 执行export命令把当前文件夹添加到PATH环境变量中

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提示

对于LAPACK而言，默认是开启了SKIP_LAPACK_CHECK=t选项，跳过检查。如果想打开，需要修改genmake2命令中的内容：

# comment this line out to enable lapack test
# SKIP_LAPACK_CHECK=t

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然后在下面的配置文件中添加LAPACK库相关的内容。

此处我们可以忽略这个Can we create LAPACK-enabled binaries... no的问题

（2）进入算例文件夹

cd test_code 	# 用户自己知道在哪
ls 				# 列出文件, 比如会显示: build code run 等文件夹
cd build 		# 进入build文件夹

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（3）创建编译配置文件

我们以解压后的MITgcm_c66b/tools/build_options目录中linux_ia32_ifort11文件为模板，进行修改，创建适合于当前编译环境下的配置文件linux_config_th1a，文件内容如下：

#!/bin/bash
MPI="true"
CC="mpicc"
FC="mpif77"
F90C="mpif90"
LINK="$F90C -shared-intel -no-ipo"
DEFINES='-DALLOW_USE_MPI -DALWAYS_USE_MPI -DWORDLENGTH=4 -DNML_TERMINATOR'
F90FIXEDFORMAT='-fixed -Tf'
EXTENDED_SRC_FLAG='-132'
GET_FC_VERSION="--version"
OMPFLAG='-openmp'
CPP='cpp -traditional -P'
NOOPTFLAGS='-O0 -g'
NOOPTFILES=''
PROCF='-xHost'
CFLAGS="-O3 -ip -m64 -no-offload -fno-alias -ansi-alias -override-limits $PROCF"
FFLAGS="$FFLAGS -m64 -convert big_endian -assume byterecl -mcmodel=medium -shared-intel -no-offload -fno-alias -ansi-alias -override-limits $PROCF"
F90FLAGS="$FFLAGS"
F90OPTIM=$"-O2 -align -ip -fp-model source $PROCF"
INCLUDEDIRS=''
INCLUDES=''
LIBS=''
INCLUDES='-I/vol-th/software/io_tools/netcdf/mpi/4.1.2/lib/include'
LIBS='-L/vol-th/software/io_tools/netcdf/mpi/4.1.2/lib -lnetcdff -lnetcdf'
INCLUDES="$INCLUDES -I/vol-th/software/io_tools/hdf5/mpi/1.8.11/include"
LIBS="$LIBS -L/vol-th/software/io_tools/hdf5/mpi/1.8.11/lib -lhdf5_hl -lhdf5"
LIBS="$LIBS -lpthread"
MPI_INC_DIR='/usr/local/mpi-intel2013/include'
INCLUDES="$INCLUDES -I$MPI_INC_DIR"
INCLUDEDIRS="$INCLUDEDIRS $MPI_INC_DIR"
LIBS="$LIBS -L$MPI_INC_DIR -lmpich"
MPIINCLUDEDIR="$MPI_INC_DIR"
LIBS="$LIBS -L/vol-th/software/libraries/lapack/3.8.0/lib64 -llapack -lblas" # lapack on

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提示

linux_amd64_ifort_mpich_th1a 文件放在build文件夹即可。放别的文件夹也行，一会儿能找到就行。

（4）使用genmake2命令创建makefile

genmake2 -mods=../code -mpi -of=./linux_config_th1a

说明：

gmake2是生成makefile的命令，如果找不到该命令，可以参考上文将程序所在路径添加到PATH环境变量中，或者找到后在使用时给出绝对路径。
-modes=../code指明源码路径位置。通常算例目录结构为build code run 这几个文件夹放一起。
-mpi指明编译mpi版本
-of=./linux_config_th1a指明使用当前目录下的linux_config_th1a`脚本当做配置文件

# 执行make命令

生成makefile文件后，我们执行编译命令：

make depend
make -j 12

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经过耐心等待，编译完成后会生成名为mitgcmuv的可执行文件

# 配置运行环境

由于编译完成的可执行程序需要在运行时寻找动态库，因此我们可以选择：

（1）将相关动态库的路径写入~/.bashrc文件，这样每次启动就可以自动加载。但是这样可能会在多用户多种库版本需求是造成冲突，因此不十分推荐。

（2）将相关动态库的路径写入任务提交脚本，这样就保证了多个任务之间的独立性。

# 提交任务测试

以上步骤完成后，我们可以开始进行算例测试了。

我们编写一个提交脚本文件sub.sh，内容类似：

#!/bin/bash
# mitgcm
export PATH=/path/to/case/build:$PATH # !!! 需要修改为刚才编译的build文件夹
# libs
LUSTRE=`echo $HOME  | awk -F / '{print $2}'`
export LD_LIBRARY_PATH=/$LUSTRE/software/io_tools/netcdf/mpi/4.1.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/$LUSTRE/software/io_tools/hdf5/mpi/1.8.11/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/$LUSTRE/intel2013_lib:/vol-th/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# run
yhrun -N 2 -n 24 -p debug mitgcmuv

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说明：

请按需要调整最后一行命令。-N节点数，-n总核数，-p运行分区名。详情请参考用户手册提交作业部分。

注意

请注意修改脚本的相关路径，否则找不到可执行程序
不同算例编译时就确定了需要的核数，例如nPx*nPy= 24，请使用相同的核数进行提交运行

然后使用yhbatch命令提交作业：

yhbatch -N 2 -n 24 -p debug mitgcmuv

成功提交后，可以使用yhq命令查看作业状态，可以在提交目录查看如STDOUT.0000等文件，检查运行结果。

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