ovito安装说明(windows+linux)
OVITO是一个用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。 它有助于科学家更好地了解材料现象和物理过程。 该程序可在开源许可下免费用于所有主要平台。 计算模拟研究作为分析,理解和说明模拟结果的有力工具。
官网地址:传送门 (opens new window)。
下载地址:传送门 (opens new window)。
# windows版本
下载Windows版本的压缩包,Download OVITO 2.9.0 (opens new window)。正常安装即可。
安装后双击ovito.exe
即可打开。
# linux版本
下载Windows版本的压缩包,Download OVITO 2.9.0 (opens new window)。
解压缩即可
tar zxvf ovito-2.9.0-x86_64.tar.gz
cd ovito-2.9.0-x86_64
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设置环境变量
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
export PATH=$OVITO_HOME/bin:$PATH
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请把
/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
改为解压缩后的实际路径。
然后在命令行输入
which ovito
如果反馈了 ovito
所在路径即设置完成,我们尝试运行它。
ovito
如果程序启动失败并显示错误消息 ovito:/usr/lib64/libstdc++.so.6
: 版本CXXABI_1.3.8
未找到 ,请下载此版本的 libstdc++
。所以并复制两个 .so
文件 OVITO安装的 lib/ovito/
子目录。它们是必需的,因为系统上现有的 libstdc++
版本与OVITO二进制文件不兼容。
下载地址:libstdc++.so.6 (opens new window),libstdc++.so.6.0.21 (opens new window)。
然后拷贝到对应目录
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
cp libstdc++.so.6 $OVITO_HOME/lib/ovito
cp libstdc++.so.6.0.21 $OVITO_HOME/lib/ovito
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我们再次运行命令
ovito
如果成功打开界面,说明成功运行。
如果是linux环境对图形界面支持的不好,我们可以用
ovitos
命令进行命令行方式进行图像处理。
# 报错:缺少nivida的库
在计算节点运行 ovitos
命令时,提示缺少libnvidia-tls.so和libnvidia-glcore.so库。
这个库存在于nvidia的驱动库中,我们从官网下载:传送门 (opens new window)。依次选择:Linux - x86_64 - RHEL - 6 - rpm(local)
,下载 cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
压缩包。
然后解压缩rpm包并找到这两个库
rpm2cpio cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm | cpio -div
cd var/cuda-repo-7-5-local
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-libs-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-gl-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div
cd usr/lib64/nvidia
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我们就可以找到它们了,然后将这两个库拷贝到合适的位置,并添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中:
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/nvidia-lib:$LD_LIBRARY_PATH
如果还是搞不定,问管理员吧,让他把节点的CUDA驱动配置好。